Para la elaboración de este mapa, se recopila información desde numerosas fuentes:

• En el caso de proyectos de investigación biomédica se extrae directamente desde nuestra propia base de datos y se recoge de forma periódica desde las principales agencias de financiación (disponibles en el apartado enlace) , así como por las aportaciones de numerosos investigadores e instituciones que colaboran con MAPER. Se trata de proyectos de investigación financiados siempre a través de convocatorias competitivas, ya sean públicas o privadas, de ámbito nacional e internacional (siempre y cuando cuenten con la participación de investigadores españoles).
• Los ensayos clínicos se actualizan periódicamente a través del Registro Español de Ensayos Clínicos (REEC).

El resto de la información se actualiza periódicamente a través de la información accesible y pública de diferentes portales web, así como por las aportaciones de numerosos investigadores e instituciones que colaboran con MAPER y nos proporcionan voluntariamente esta información.

Una vez se obtiene esta información, el equipo de gestión científica del CIBERER en colaboración con ORPHANET-España, revisan los datos recogidos y aportados por los investigadores e instituciones, para homogenizar la información. Todo ello con el propósito de seleccionar sólo los proyectos y recursos más relevantes.

La información recogida más relevante introducida en MAPER se hace visible internacionalmente a través del portal ORPHANET facilitando la visibilidad de los recursos que hay en España.

Esta base de datos recopila información en base a la siguiente clasificación:

• Recursos sanitarios:
  • Centros (hospitales, universidades y centros de investigación)
  • Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) acreditados por el ISCIII
  • Centros, Servicios o Unidades de Referencia del SNS (CSUR)
  • European Reference Networks/Redes Europeas de Referencia (ERN)
  • Estrategias Nacionales del Sistema Nacional de Salud
  • Sedes de la Federación Española de Enfermedades Raras (FEDER)
• Recursos de investigación:
  • CIBER (Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red); con sus 11 áreas temáticas.
  • RETIC: 12 Redes Temáticas de Investigación Cooperativa.
  • Centros del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII).
  • Unidades Mixtas del ISCIII.
  • Plataformas de las RETICs (ITEMAS, SCRE, PRB2 y Biobanco).
  • Plataformas de las áreas temáticas CIBER
  • Recursos CIBER
  • Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares (ICTS) relacionadas con la biomedicina

Y la búsqueda a su vez puede delimitarse por las 31 áreas médicas de especialización.